Kirkon virka- ja työehtosopimus on voimassa 31.3.2020 saakka. Siirtymäaika Suomen evankelis-luterilaisten kirkon seurakuntien osalta siis päättyy 31.3.2020, ja 1.4.2020 alkaen on uutta työaikalakia noudatettava kokonaisuudessaan. Virkaehtosopimuksen päättyessä päättyy myös työrauhavelvoite, jollei uutta sopimusta ole solmittu 31.3.2020 mennessä.
Uusi sääntely tuo muutoksia myös Suomen evankelis-luterilaisen kirkon hengelliseen työhön. Kirkon työaika-asetus, jolla mm. diakonian, nuorisotyönohjaajan ja varhaiskasvatuksen ohjaajan viranhaltijat ovat aiemmin olleet työajattomia, on kumottu, eikä vastaavaa uutta asetusta ole mahdollista enää antaa. Uusi työaikalaki myös korostaa aiempaa vahvemmin sitä, että työajattomalla työntekijällä tulee olla työaika-autonomia.
Kirkon akateemiset AKI toistaa 13.3.2019 esittämänsä kannan, jonka mukaan suuressa osassa kirkon tähänastisista työajattomista tehtävistä ei nykyään enää ole työaika-autonomiaa. Lähijohtamisen ja työtehtävien jakamiskäytäntöjen kehittäminen on johtanut tilanteeseen, jossa työntekijällä ei ole mahdollisuutta määrittää itse työtehtäviensä sijoittelua. Lisäksi eräissä seurakunnissa on keväällä 2020 myös ohjeistettu hengellisen työn viranhaltijoita raportoimaan työaikansa käytöstä ja työajastaan. Tämä merkitsee työajan valvontaa, minkä johdosta työaikaraportointiin velvoitetut työntekijät on katsottava siirretyksi työaikaan.
Uuden työaikalain voimaantulo merkitsee seurakunnissa siis sitä, että työaikaa sovelletaan jatkossa suurimpaan osaan papistosta ja kanttoreista sekä kaikkiin diakonian viranhaltijoihin, nuorisotyönohjaajiin ja varhaiskasvatuksen ohjaajiin, jotka ovat työnjohdon alaisia. Aivan itsenäisimmissä tehtävissä voi edelleen olla mahdollista todeta viranhaltijan olevan työaikasääntelyn ulkopuolella (TAL 2.1 § 4 kohta). AKIn arvion mukaan työaikaan siirtyminen koskee arviolta n. 5 000 tähän asti työajatonta hengellisen työn viranhaltijaa.
Työaikaan siirtyminen merkitsee myös työaikakorvausten ulottamista hengelliseen työhön. Merkittävä parannus on, että jatkossa myös hengellistä työtä tekevät saavat arkipyhälyhennykset sekä työaikakorvaukset. Erilaiset korvaukset ja niiden suuruus vaihtelevat sen mukaan, mihin vaativuusryhmään viranhaltijan tehtävä on sijoitettu.
Käytännössä työajan ulkopuolella voivat keskiviikosta alkaen olla kirkon viranhaltijoista enää ylin johto sekä ne uskonnollisia toimituksia suorittavat työntekijät, joilla tosiasiallisesti on työaika-autonomia. Niissä tehtävissä, jotka on siirrettävä työaikaan mutta joissa työntekijä voi päättää itse ainakin puolet työajastaan, voidaan työajallisellekin työntekijälle antaa vapauksia työajan sijoitteluun uudella joustotyöaikamuodolla. AKI suosittelee joustotyöaikasopimusten käyttöönottoa hengellisessä työssä.
AKI on 30.3.2020 antanut uudesta työaikasääntelystä päivitetyn ohjeistuksen, joka pohjautuu kirkon työmarkkinaosapuolten 9.3.2020 hyväksymään työaika-autonomiaa koskevaan ohjeeseen.